1.      Kurikulum Pesantren

-          Kurikulum di Pondok Pesantren Al Musthafa Tsani sama halnya seperti pesantren salaf pada umumnya dengan materi pada kitab kuning dan system ajar yang tak jauh berbeda. Kurikulum yang diterapkan dengan system Halaqoh (kelas) dan Metode NonKlasikal.

-          Pondok Pesantren Al Musthafa Tsani menggunakan sistem halaqoh, namun tetap menggunakan metode sorogan dan bandongan sebagai penunjang. Sorogan dan bandongan diampu oleh pengajar secara langsung, dan santri dapat memilih kitab sesuai dengan tingkatan halaqoh dan kemampuan masing-masing.